晚清时期，政府无能，抵御外敌的结果不是战败，就是割地赔款，丧权辱国。但是左宗棠收复新疆之战，却大长国人志气。殊不知，这是大清王朝彻底陨落前的最后一次回光返照，也是中原王朝最后一次向“西域”大举征伐。从表面看，左宗棠只是国内平叛，实际上背后却晃动着英国和沙俄的身影。
英国和沙俄可以说是世仇，数百年间，沙俄对外野蛮扩张的历史，也是英国扼制沙俄扩张的历史。沙俄为了拥有一座沿海不冻港，东征西战数百年，英国等欧洲国家为了阻沙俄的扩张，也与其战争了数百年。
公元年至公元年，沙俄与英国、法国等欧洲国家为争夺小亚细亚地区的权力，双方在黑海沿岸的克里米亚半岛大打出手，爆发了克里米亚战争。
这次战争以沙俄惨败而告终，沙俄损失52.2万余人，土耳其损失近9.6万人，法国损失9.5万人、英国损失10.2万人。沙俄为这场战争大约耗资约8亿卢布，同盟国耗资约6亿卢布。
克里米亚战争失败后，沙俄把对外扩张的战略转向了东方，目标对准了中华大地和中亚诸国；英国在欧洲击败沙俄之后，把亚洲的印度纳入了自己的殖民地，紧接着，满清成了英国的下一个侵略目标。
公元年，第二次鸦片战争爆发，经过与满清四年的战争，英法联军攻入了北京，满清皇帝逃往承德。英法联军火烧圆明园，四处烧杀抢掠，无恶不作。这场战争以满清政府被迫签订丧权辱国的《北京条约》而结束。
战后，沙俄以“调停有功”自居，并迫使满清政府签订了中俄《瑷珲条约》、《天津条约》和《北京条约》等和约，不费吹灰之力就从满清手中夺取了多万平方公里的土地，将势力扩张到了外东北。
战争的结果引起了英国的强烈不满，英国认为自己出兵出力，付出巨大的代价，到头来沙俄却成了这场战争最大的赢家。对于英国来说，这是绝对不能容忍的。随后，双方在新疆又开始了新的较量。
历史上，沙俄在对外扩张的过程中，采取的是步步为营的堡垒推进政策，在所侵占土地的战略要地修建堡垒，派军队驻扎，然后向堡垒附近实行武装移民。之后，又将这些堡垒用公路连接起来，称为堡垒线。
沙俄众多的堡垒线中，东边的奥伦堡堡垒线和西边的西伯利亚堡垒线是其中最重要的两条线。
公元年12月，沙皇亚历山大二世批准了俄国陆军部制订的连接东、西两条碉堡线，深入中亚的计划，发出了大举进攻中亚的号令。经过十余年的征战，沙俄连续征服了中亚的浩罕汗国、布拉哈汗国以及希瓦汗国。
至此，整个中亚地区尽在沙俄的股掌之中，英国的殖民地印度已经遥遥在望。沙俄早已对这块被称为英国王冠上明珠的土地垂涎三尺，只等时机成熟，便毫不犹豫从英国手中夺取。
沙俄在攻占浩罕汗国时，该国一个名叫阿古柏的军事头目，趁新疆爆发反清起义，军事混乱之际，率军占领了新疆南北。
公元年5月，阿古柏在新疆建立“洪福汗国”，脱离了满清政府的控制，企图保留浩罕汗国的残余势力。之后，沙俄以追击阿古柏的名义，侵占了新疆的伊犁地区。沙俄的盘算是中亚稳定之后，便以伊犁为据点，随时南下消灭阿古柏，以侵占整个新疆。
沙俄在中亚和新疆的扩张，引起了英国的忧虑。为了保护英属印度的安全，英国为阿古柏提供各方面的援助，以增强其实力，目的就是让阿古柏对抗沙俄，阻断沙俄谋取印度的野心。
随着英国和沙俄的介入，新疆的形势变的非常复杂，波谲云诡，风云变幻，新疆危矣！
公元年2月，日本以琉球漂流民在台湾被杀为借口，攻占台湾，满清驻扎在东南沿海的军队却无能为力。
大清王朝一时间，东南海警，西北烽烟，海陆两个方面的国防安全受到严重威胁。此时的满清政府，虽然经过十余年的洋务运动，已经具备了主动平叛的军事和经济实力，但是国库收入就那么多，面对东南和西北，该把谁作为优先主攻方向？
攸关国家的前途命运，兹事体大，朝堂之上那些身居高位的无能之辈不敢擅自定夺，于是清廷下令，让地方督抚和高级官员参与讨论，这就是清末著名的海防与塞防之争。
海防派的代表李鸿章认为，应该重海防，因为威胁大清王朝的势力都是从东南沿海而来，北京距离海岸线近，重海防就是保京畿，保京畿就是保朝廷。
李鸿章认为，防范东洋尤甚于防范西洋，大清王朝的主要敌人是日本，如果不加以牵制，日后必成大患。所以要加快发展铁甲舰和新式快船，编练新式海军，加强沿海炮台建设，加强旅顺威海卫等海军基地建设，加强淮军建设，选派优秀的留学生学习洋人的先进经验。
但是，这一切都需要投入巨大的财力，大清国库收入有限，无法同时支撑海防和塞防两方面的开支。
因此，李鸿章主张收缩西北战略。他认为新疆乃化外之地，漫漫沙漠，赤地千里，土地贫瘠，人烟稀少，不值得花费高额的代价收复。而且财政拮据，是否能收回新疆毫无胜算，得不偿失，不如专备海防。
还有一点，李鸿章没明说，那就是他畏惧英国和沙俄扶植起来的阿古柏武装势力，他认为清王朝没有能力将阿古柏赶出新疆。李鸿章终其一生的战略思想就是与沙俄交好，他不愿意与阿古柏背后的沙俄起冲突。
李鸿章放弃新疆的主张，引起了陕甘总督左宗棠的强烈不满，他立即上书清廷反驳李鸿章。
左宗棠认为，应该海防和塞防并重，事有轻重缓急，哪一方紧迫就优先支持哪一方。日本虽然是心腹大患，但此时的实力还不足以对清王朝构成威胁；东南沿海的洋人，其目的在于通商，短期不敢轻举妄动，此时是收复新疆的大好时机。
左宗棠认为，新疆是蒙古的屏障，蒙古又是北京的屏障，如果放弃新疆，西方的列强就会趁机向东扩张，到时候不但蒙古不得安宁，北京也将永无宁日。沙俄盘踞伊犁，久拖不决的话，新疆危矣。
左宗棠认为，西北的饷银本来就不充足。建设海防也不需要挪用塞防的费用。更何况，海防的费用可以就地筹措解决。左宗棠还向清廷主动请缨，率军出征，收复新疆。
当时，李鸿章的主张是官场的主流，绝大多数官员对左宗棠收复新疆并不理解。在他们看来，要想收复新疆，就必须先平定陕甘叛乱，打通河西走廊，然后再万里远征，剿灭阿古柏势力。
在这些官员的眼中，如此劳师动众的远征，耗资巨大，清军和太平军长年的战争，已致使国库空虚，根本没有财力支持远征新疆。万一西征失败，万事皆休。就算剿灭了阿古柏势力，也要直面与英国和沙俄的对决，不得安宁。
尽管得不到大部分官员的支持，但性格倔强的左宗棠还是不停地上书清廷，苦苦哀求不要放弃新疆。终于，左宗棠的拳拳赤诚，获得了清廷的支持。
公元年5月3日，清廷正式任命陕甘总督左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，金顺为乌鲁木齐都统，帮办新疆军务。即使有了朝廷的任命，左宗棠接下来的西征之路，每一步都走的异常艰难。
俗话说，兵马未动，粮草先行。收复新疆不同于其他战争，新疆不具备就地筹集后勤物资的条件，一切军需都要从内地转运。在当时的交通条件下，把物资从内地转运到新疆，路途消耗非常大。
而满清政府的财政亏空，户部没有足够的银两拨给左宗棠，只能户部拨一部分，各省协助一部分，然后再外借一部分。左宗棠首次所需的万两白银，户部只拨了万两，各省协助了万两，然后外借了万两才勉强对付过去。
然而各省提供的协饷也是常常拖欠，不能及时到位。左宗棠接受西征任务的当年年底，各省积欠的协饷就高达万两白银，占了整个西征花费的近一半。为此，左宗棠也是周旋在这些封疆大吏之间，讲交情，套近乎，说好话，甚至威逼利诱。为了筹饷，左宗棠几乎得罪了整个官场。
东南地区作为清廷的赋税重地，被李鸿章把控，所收赋税主要用于海防，对于支持左宗棠并不积极。为了筹集军饷，左宗棠只能不停借外债。
左宗棠为了筹备军饷，左右腾挪，耗尽心力。当时各地督抚不愿意出面帮忙借债，左宗棠只得委托浙江商人胡雪岩出面，从英国的汇丰银行以年利率15%的高息，分三次借贷万两白银，另外还向票号钱庄借款万两白银。在左宗棠看来，筹款比打仗还难。
左宗棠为了筹集军粮，事先派西征军前锋部队统帅张曜，驻军在哈密，兴修水利，屯田积谷。当时一年收获的粮食大概在余石左右，基本可以解决该部半年的军粮所需。
毕竟缓不济急，除了在新疆东部采购一部分军粮外，左宗棠还从甘肃河西地区采购军粮运至哈密；内地购得的军粮从包头、归化、宁夏再经蒙古草原运至新疆东部的的巴里坤或古城（今奇台）；左宗棠还从俄国人手中购买了一部分粮食。
为了使得军粮能按时安全的到达目的地，左宗棠广运粮台站，除了官方运输之外，还借用民众的力量，节节转运。
新疆地域广阔，如果采取大兵进剿，以多击少的战术是行不通的，这样的战术不仅后勤跟不上，就连前线的战斗力也无法保证。为了加强军队的战力、节饷减粮，左宗棠强调”兵贵精实“，对西征军进行了精简整编。西征军的总兵力在6万人左右，而真正在前线出征的也就2万余人。
军械方面，左宗棠一方面通过胡雪岩掌管的上海采运局购买洋人先进的武器装备，比如德国的毛瑟步枪等；另一方面，左宗棠还在兰州设立火药局和甘肃制造局，就地生产枪炮弹药补给前线。
为了对付阿古柏的洋枪洋炮，左宗棠从广州、浙江等地请来专家和熟练的工人，仿造德国的螺丝炮和后膛七响枪，并改造了中国的劈山炮和广东无壳抬枪。当时的这些武器，可以说是世界上最先进的。
阿古柏军队的总兵力有5万余人，其中骑兵约占三分之一。步兵所配备的武器是火枪，骑兵则使用火枪和腰刀。除了火绳枪这种当时已经过时的古老火器之外，阿古柏军队从英属印度和奥斯曼帝国获得了1万多支恩菲尔德步枪。
千军易得，一将难求，前线领兵打仗的主将人选非常重要。左宗棠所选的前敌总指挥是三十一岁的刘锦棠，湖南湘乡人。刘锦棠年富力强，年富力强，极擅于长途奔袭，人称“飞将军”。如果说，收复新疆的运筹规划者是左宗棠，那么身处一线最重要的实施者则是刘锦棠。
在战略方针上，左宗棠提出要“缓进急战”和“先北后南”。
所谓“缓进急战”，就是不打无准备之仗，开战前的准备工作要细致，后勤要充足。一旦正式开战，就要速战速决，不可游移迟缓。不给阿古柏任何喘息的机会，也不给英国和沙俄军事干涉的时间。
所谓“先北后南”，则是先安定北疆，当然暂时不急于收复伊犁，然后进军南疆。当时阿古柏的势力主要集中于南疆，其在北疆的势力比较薄弱。先攻北疆可以避实就虚，先声夺人。同时可以隔开阿古柏与盘踞伊犁的沙俄势力，防止他们相互勾结。
北疆地广土沃，可作为军事基地，集聚实力一鼓作气南下剿灭阿古柏的老巢，彻底平叛。最后，集全疆之力进逼伊犁，迫使沙俄退出伊犁。
左宗棠经过数年的艰辛努力和苦心经营，终于完成了战前的准备工作，开始征战。
公元年4月7日，左宗棠从兰州移营肃州（今甘肃酒泉），誓师出征，作为前敌总指挥的刘锦棠，率领25营的马步兵分批进入新疆。
作为精锐，刘锦棠部配备了10多门新式大炮，多杆各种新式枪支，而且还专门建立一支独立的炮兵部队，配备了12门先进的火炮。
阿古柏得知清军西进的消息后，急忙防御，他令白彦虎、马明、马人得等分别驻守乌鲁木齐、昌吉、呼图壁、玛纳斯、古牧地等北疆要地，阻止清军南下。白彦虎和马明是陕甘回乱中的叛军首领，被左宗棠打败后逃到新疆投靠了阿古柏。
阿古柏还将一部分兵力部署在胜金台、辟展（今鄯善）一线，防清军从天山南麓进攻。
阿古柏在达坂城、吐鲁番和托克逊部署了2.7万的主力军，其本人在托克逊督战。阿古柏的总兵力约有4万余人。
按照“先北后南”的方阵，左宗棠决定首先收复南疆和北疆的交通要冲乌鲁木齐。作为前敌总指挥的刘锦棠，果断向北疆发起进攻。他先攻占了阜康，随后击败了白彦虎的两万人马，攻克了古牧地，解决了乌鲁木齐的屏障。
拿下古牧地后，刘锦棠不给对方任何喘息的机会，立即奔向乌鲁木齐。驻守乌鲁木齐的白彦虎和马人得没想到清军如此迅速，听到炮声后，立即弃城逃向达坂城，刘锦棠收复了乌鲁木齐、迪化州城及伪王城。
盘踞在昌吉、呼图壁与玛纳斯北城的阿古柏军队，如惊弓之鸟，未等刘锦棠进攻就弃城而逃。至此，北疆除了伊犁之外，被全部收复。刘锦棠因功被授予骑都尉世职。
北疆收复后，正值冬季来临，大雪封山，不利于大规模的军事行动，左宗棠决定暂停进攻，进行休整，等待来年春天进军南疆。由于乌鲁木齐都统金顺部在战后有杀俘行为，左宗棠委婉地让金顺留守北疆，以使刘锦棠在南疆作战时可以不受牵制。
阿古柏得知北疆失守后，连忙部署兵力防守南疆门户，命白彦虎的残部和心腹艾克木汗率8人，驻守吐鲁番；大总管爱伊德尔胡里带率军人，驻守达坂城；次子海古拉率领人，驻守托克逊，他本人则坐镇喀喇沙尔指挥。
左宗棠根据阿古柏的兵力部署情况，提出了三路并进的作战方案。刘锦棠部由乌鲁木齐南下进攻达坂城，为北路；广东陆路提督张曜部由哈密西进，为东路；广东记名提督徐占彪部出木垒河，越天山南下，为东北路。之后，张曜和徐占彪率部协力攻取吐鲁番，拿下吐鲁番之后，立即进攻托克逊。
公元年4月14日，经过几个月的休整和准备，清军开始进军南疆。刘锦棠率一万余主力军及开花炮队由乌鲁木齐南下，兵临达坂城，对其形成包围之势。
驻守托克逊的阿古柏次子海古拉多次率军前来援救，均被刘锦棠击退。之后，刘锦棠架设炮台，猛攻达坂城。守城的大总管爱伊德尔胡里准备弃城逃跑时，被刘锦棠擒获。在刘锦棠的强大攻势下，守城敌军投降，达坂城得以收复。
攻占达坂城之后，刘锦棠对一些没有作恶的战俘发给了衣粮，允许其返回原部。这一举措，对瓦解阿古柏军队起到了作用。
阿古柏为了避免这些被放回的人影响军心，命令其次子海古拉将他们处死，结果适得其反，进一步使阿古柏政权上下离心离德。
收复达坂城后，刘锦棠派六营的兵力助攻吐鲁番，自己亲率14营的兵力进击托克逊。驻守托克逊的海古拉闻风窜逃，最终率众两万余人投降，托克逊收复。
与此同时，张曜部和徐占彪部在盐池会师后，先后拿下七克腾木、辟展、胜金台，向吐鲁番挺进。随后，在刘锦棠援军的协助下收复了吐鲁番。
阿古柏见三城失守，大势已去，于是逃至库尔勒，最终气急暴病而死。关于阿古柏的死因，说法不一，有说服毒自杀，有说被人毒死，还有说和下属厮打致死。
阿古柏的次子海古拉被火烧死后，其长子伯克胡里在喀什噶尔称王，他命白彦虎防守喀喇沙尔（今焉耆）、库尔勒等地，继续顽抗。
清军收复的下一个目标是南疆八城，刘锦棠率领32个马营为前锋，专门负责进攻，而张曜率领16个马步营为后队，边打边守，以保住收复的城池。
刘锦棠指挥有度，率领精兵跟在一路西逃的白彦虎后面，紧追不放。一个月内驰驱一千多公里，连续克复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等南疆东四城。
刘锦棠的破竹之势，使盘踞在叶尔羌、英吉沙尔、和阗、喀叶噶尔等南疆西四城的敌军惊恐万分。和阗叛军呢牙斯率先向清军请降，并主动率兵围攻叶尔羌。驻守在喀什噶尔的伯克胡里率军增援叶尔羌，叛国将领前喀什噶尔守备何步云趁机反正，率领数百满汉兵民占据喀什噶尔汉城，伯克胡里又赶忙回救喀什噶尔。
何步云派人向刘锦棠乞援。刘锦棠当机立断，调整作战计划，率军收复喀什噶尔，伯克胡里和白彦虎率领残部逃入沙俄境内。叶尔羌收复后，刘锦棠又拿下了英吉沙尔与和阗。
随着南疆西四城的回归，左宗棠收复新疆之战也宣告结束。此战消灭了阿古柏政权，收复了除伊犁外的新疆大部分地区。
战后，对于那些罪大恶极之人，也做出了相应的惩罚。引阿古柏进入新疆的金相印父子，以及追随阿古柏的余小虎、马元均等被处死；阿古柏和白彦虎手下的大小头目共计人，也被“讯明正法”。
公元年，左宗棠接到入京觐见的上谕，离开了肃州大营，他向清廷推荐刘锦棠署理钦差大臣督办新疆军务，刘锦棠成为全新疆最高负责人。
对于占据伊犁不撤兵的沙俄，刘锦棠毫不退让，并积极备战，做好武力收复的准备。后来，在曾国藩之子曾纪泽的外交斡旋下，终于从沙俄手中收回了伊犁。