早在清朝之前我国的新疆地区被称为“西域”，从清朝康熙皇帝开始直到乾隆二十四年（年）最终平定了“西域”后改名为新疆，清朝用了三朝时间建立了人口以及商业稳定的古城（新疆古城）——归化（内蒙古呼和浩特）——张家口的西北商业主干道。
“康乾盛世”以后清朝的实力日渐衰落，以及清朝中后期的“太平天国”运动，导致政府无暇顾及新疆地区，又将地方税收直线上升，最终导致年在新疆爆发了回民之乱各路势力在库车（今库车县）、和阗（今和田市）、喀什（今喀什地区）、吐鲁番（今吐鲁番市）等地先后建立了地方割据政权，宣告独立。
在新疆新成立的多方势力中占据喀什的地方头领司迪尔找了个强援来自中亚好汗国的阿古柏，当时的司迪尔没有想到请来强援等同于是“引狼入室”，进入新疆的阿古柏凭借自己的才能和头脑，不断的东征西讨于是在年建立了“洪福汗国”统一了南疆。
年底又统一了北疆地区，阿古柏成了新疆地区的最新霸主，更可怕的是在阿古柏身后站着两个强有力的后盾，那就是一直盯着新疆这块肥肉的英国以及俄国，这两个国家分别在年和年承认了阿古柏的“洪福汗国”。
如此看来阿古柏的“洪福汗国”不仅初具规模还得到了国际上的认可，问题就变得非常严重了，一不小心万平方公里的国土就要从中国的版图消失了。
陕甘总督左宗棠不断要求收复新疆，直到年光绪帝登基，左宗棠主动请缨收复新疆，可他万万没想到却遇到了强劲的对手，那人就是直隶总督兼北洋大臣的李鸿章，光绪即位后李鸿章很快就提出了七项建议。
其中主要都是针对国内发展极具战略眼光的建议，只是他所提出的第七条建议停止西征暂时抛弃新疆加强海防，但是这一条引起了左宗棠这个封疆大使的极为不满，这也是晚清史上最著名的“海防”和“塞防”之争。
李鸿章和左宗棠都是出自曾国藩的湘军幕下，但李鸿章才是完全继承曾国藩衣钵的，而左宗棠本来就只比曾国藩小一岁，他们二者一直是上下级关系且左宗棠一直以来都看不上曾国藩，左宗棠是传承林则徐一脉的认为沙皇俄国才是清朝最强劲的敌人。
李鸿章认为将来日本才是中国面对的最大敌人，所以他觉得加强海防是当务之急的事情，并且在李鸿章看来新疆地区只不过是荒漠地区，土地贫瘠人烟稀少，乾隆年间为了平定新疆可以说是倾全国之力，徒然收数千里荒地增加千百万开支实在得不偿失。
但是在左宗棠看来新疆有万平方公里面积占据了中国六分之一的领土，怎么能说丢就丢，再加上新疆并不是一片荒地，天山南北两路粮产丰富，瓜果累累，牛羊遍野，牧马成群。煤、铁、金、银、玉石藏量极为丰富。所谓千里荒漠，实为聚宝之盆。
再加上新疆局势不稳定会对蒙古，陕西，山西，甘肃等地区造成极大的影响，尤其是当时的俄国人由西向东不断扩张自己的领土，俄国又与我国北境毗邻如果不防，后果不堪设想。
从当时的朝堂来看李鸿章的权势要远远高于左宗棠的，所以支持“海防”的大臣要多于“塞防”的大臣，可是让大家没想到的是在关键时刻有一个人出来拍板了，那人就是慈禧，她认为新疆必须要收复。
慈禧之所以会支持收复新疆主要是因为：第一，新疆有万平方公里占了六分之一的国土，如果丢了实在是愧对列祖列宗；第二，左宗棠是出了名的清官朝廷上下无人不知无人不晓，既然他提出的建议自然是为国家着想的；第三，清朝也是少数民族，不一样统治了中国，所以朝廷一直很重视少数民族，如果因为新疆问题波及蒙古及其他少数民族那么大清江山就十分危险了。
所以慈禧经过权衡利弊后最终同意了左宗棠的提议，接下来就是作战策略，左宗棠提倡的战略方针可以用四个字来概括：缓进速决，缓进也就是要做好充分的准备，不准备好不打仗，所以依据这一点左宗棠在开战前做了这么一件事。
那就是裁军凡是不愿意去西征的，都给回家路费，要留下来的必须是精兵强将，最后左宗棠留下了六万精兵，左宗棠这么做的目的其实很明显，新疆路途遥远，人数太多粮食耗费巨大，并且军队里人员素质参差不齐会动摇军心。
“速决”也很容易理解，因为当时的清朝国库亏空，国家没钱支撑你打长仗，左宗棠经过精密的估算这次出征总共需要万两，为了防止意外发生他向朝廷申报了万两银子。
朝廷也很爽快二话不说就从国库拨款万两，并且允许左宗棠申请外国债五百万两，于是左宗棠就找到了当时上海的“红顶商人”胡雪岩到英国汇丰银行借了五百万两银子。
年得知清政府要对新疆用兵，沙俄政府派来了一个所谓的“科学贸易考察队”，其真实目的是想看看左宗棠训练的这些的军队具体实力如何，让俄国人没想到的是兰州的刘锦棠率领的西征军队，他们拥有大量欧洲最先进的火器和仿造品，这支由刘锦棠带领的人的精锐部队共拥有来复枪两万只。
沙俄考察队很快就给出了结论：阿古柏的失败只是早晚的时间问题罢了。年，左宗棠的西征军骑兵和步兵分批进入新疆哈密地区，再由哈密前往巴里坤，收复新疆战役正式拉开帷幕。
虽然说阿古柏在新疆的实力很强大，但要与左宗棠的精锐部队相比那还是差远了，所以这场仗打得毫无悬念，阿古柏屡战屡败，其中最为重要的一个因素还是阿古柏的管理出现了重大问题。
阿古柏在新疆地区收重税当地百姓可谓是苦不堪言，早就巴望着朝廷派人过来解救他们于水火之中，再加上左宗棠下令不许杀降，所以很多都是主动打开城门的，根据左宗棠的战略，从年5月到年3月他们只用了10个月的时间收复了北疆。
没想到年的5月29日凌晨，阿古柏猝死于喀拉沙尔（新疆焉耆县），年1月清军攻克南疆所有土地，基本上收复了整个新疆。但是，还有一个伊犁地区没有收复回来，伊犁在年阿古柏进入新疆乱战时趁机被沙皇俄国占领。
不过当时的俄国自己内部正在爆发第九次“俄土战争”所以虽然占了伊犁，却还是向清朝喊话说是帮中国代管伊犁地区，等中国收复了新疆的乌鲁木齐这样的主要城镇后，他们再来归还伊犁，他们打的算盘其实是清朝压根不可能收回新疆，他们没想到左宗棠竟然做到了！
到了年，左宗棠再次上书建议将新疆设省并且让俄国归还新疆伊犁地区，朝廷同意了，于是派遣崇厚到俄国进行谈判，却没想到他签了一份极为不平等的条约，合约上只得一个伊犁孤城，大部分的领土都给了俄国，并且还要赔款万两。
崇厚回来后整个朝廷一片哗然，这时已经68岁的左宗棠再次站了出来说：“重新谈，重新签！”慈禧听后就将曾国藩的长子曾纪泽派到了谈判桌上，左宗棠在后方带着军队为其做后盾。
左宗棠更是让人将他的棺材直接从肃州抬到了哈密，俄国得知后就开始派舰队威胁奉天，山东，天津，但是俄国也知道左宗棠精锐部队的实力再加上自己国家又再进行第十次“俄土战争”，所以他们权衡利弊后最终俄国决定退一步。
年2月24日，曾纪泽与俄国签订了《中俄伊犁条约》条约中几乎是归还了伊犁全境给中国，但是仍有一小部分伊犁地区被俄国占领。
到了年左宗棠反复敦促朝廷终于设立了新疆省，第二年左宗棠就逝世了。